中性红可以与组织或细胞的细胞核中的DNA结合从而将细胞核染成红色。因此中性红染色液（Neutral Red Staining Solution）常用于组织或细胞染色中细胞核的复染。本染色液为酸性溶液，适合用于固定的组织或细胞染色，不适合用于活细胞的染色。对于固定细胞，细胞核中大量基因组DNA被浓染成深红色，而细胞浆中的DNA和RNA被染成浅红色。

中性红同时也可以用于检测细胞增殖。细胞对中性红的摄取能力主要靠ATP维持，所以活细胞可以摄取中性红并使其在溶酶体积累，而受到损失的细胞对中性红的摄取能力会下降。通过裂解细胞释放中性红并检测细胞的摄入量后就可以定量细胞的增殖情况。

此外，中性红也是一种pH指示剂，其在酸性环境下呈红色，当pH逐渐升高时，中性红的颜色从红色逐渐转变为黄色。

本染色液用于染色的效果图可以参考图1：