核酸内切酶通过在连接点上引入对称相关的切割来解析 Holliday 连接 （HJ），以产生切口双链体产品，其中切口可以很容易地连接。四向 DNA 中间体，也称为 Holliday 连接，是在同源重组和 DNA 修复过程中形成的，它们的分辨率对于适当的染色体分离是必要的 （PubMed：19020614， PubMed：26682650）。通过涉及双重协调切口的切口和反切口机制切割 HJ，导致形成可结韧的切口状双链体产品。第一链的裂解是速率限制的，而第二链的裂解是快速的。主要是单体，在HJ上二聚化，第一个缺口发生在连接处的二聚化（PubMed：26578604）。有效切割大型重组中间体中包含的单个和双 HJ。对位于 DNA 富含 T 的区域的两个 G 残基之间的切口表现出弱序列偏好 （PubMed：28049850）。在 5'-皮瓣和复制叉 （RF） DNA 底物 （PubMed：26578604） 上还具有核酸内切酶活性。