Annexin V是一种Ca²⁺依赖性磷脂结合蛋白，可与磷脂酰丝氨酸（Phosphatidylserine, PS）特异结合。PS正常位于细胞膜脂质双层的内侧，但在细胞凋亡早期PS可从细胞膜的内侧翻转到细胞膜的外表面，暴露在细胞外环境中。Annexin V对PS具有高亲和力，对Annexin V进行荧光素（HF647）标记，以带有标记的Annexin V作为荧光探针，利用流式细胞仪或荧光显微镜可检测细胞凋亡的发生，染色过程仅需10-20分钟。PI可与双链DNA特异性结合产生红色荧光，正常情况下无法透过细胞膜。但在凋亡晚期的细胞和死细胞，PI能够透过细胞膜而使细胞核染色。当同时进行Annexin V-HF647和PI染色时可区分处于不同凋亡时期的细胞及死细胞。