各位同学好呀，我们免费的课程即将进入尾声了，感谢大家的关注与陪伴。与我们之前几节课一样，如果要使用 iCN3D 模块，我们就需要将 iCN3D 加载到 Jupyter Notebook 中。（请注意使用库的确切名称哦，全部采用小写字母。）

import icn3dpy

大家如果出现报错 No module named ‘icn3dpy' 不要着急，是因为我们没有进行安装。大家可以通过 pip 进行安装（还不知道怎么安装的小伙伴可以看之前的课程复习一下）：

!pip install icn3dpy

Tip：

大家在安装的时候，是不是特别的慢。没有关系，我们可以在命令行中使用 pip install 时，直接添加 -i 参数指定镜像源。

比如我们可以使用代码

!pip install icn3dpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

以下是一些常用的 Python 包管理工具 pip 的镜像源地址：

清华大学开源软件镜像站:
https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

阿里云镜像:
https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/

中国科技大学镜像站:
https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/

豆瓣镜像:
https://pypi.douban.com/simple/
（注意：豆瓣镜像有时会不稳定）

腾讯云镜像:
https://mirrors.cloud.tencent.com/pypi/simple

华为云镜像:
https://repo.huaweicloud.com/repository/pypi/simple

安装好之后，我们就可以进行蛋白质结构的查看了。我们可以简单地 icn3dpy.view 命令时提供的默认表示形式加载 PDB 结构。我们来尝试查看一下 1a0j 这个蛋白，我们输入“pdbid = 1a0j” （大家有自己感兴趣的蛋白都可以查看只需要替换 PDB_ID 即可）。

import icn3dpyscene=icn3dpy.view(q='pdbid=1a0j')scene

我们现在可以看到3D的结构了，但是其实这里没有提供真正的优势，对于代码来说，创建一些变量和函数，可以使我们能够使用简单的命令快速生成许多不同PDB条目的所需视图。

让我们从变量开始。icn3dpy.view()命令需要在语句中定义变量 q。

用变量替换 'pdbid=1a0j' 字符串，比如我们如果想查看8gch，可以使用以下代码：

ID = 'pdbid=8gch'scene = icn3dpy.view(q=ID)scene

对于高级的使用人员，单单看到结构一定是不行的。我们可以向 icn3dpy.view 函数添加命令来创建不同的视图。

比如我们可以更改外观：

ID = 'pdbid=8gch'scene = icn3dpy.view(q='pdbid=1mbo', command = 'style proteins cylinder and plate')scene

ID = 'pdbid=8gch'scene = icn3dpy.view(q='pdbid=1mbo', command = 'style proteins cylinder and plate; style chemicals ball and stick')scene

想要更加直观，在写程序的时候可以使用一些变量替换。大家可以对比一下面两段代码的区别。

ID = 'pdbid=1mbo'cpl = '; style proteins cylinder and plate'bns = '; style chemicals ball and stick'scene = icn3dpy.view(q=ID, command = cpl + bns)scene

ID = 'pdbid=4hhb'cpl = '; style proteins cylinder and plate'bns = '; style chemicals ball and stick'scene = icn3dpy.view(q=ID, command = cpl + bns)scene

其实如果各位小伙伴觉得代码麻烦，可以点击 iCN3D 菜单图标进行点击操作。（再重复一下，代码的优势在于批量处理，现在的目的是让大家了解原理）。

如何批量处理呢，我们在非线性回归第2部分的时候有使用过函数。我们也在今天的案例中尝试一下。

我们可以定义一个函数myview1，它的作用是接受一个PDB ID，利用 icn3dpy 库来生成一个 3D 可视化场景，并按照指定的样式和参数来显示结构。返回的 scene 对象可以用来在Jupyter Notebook或其他支持的环境中展示这个3D结构。

import icn3dpy  #导入 icn3dpy 库def myview1(PDB_ID):    # 定义一个名为 myview1 的函数，接受一个参数 PDB_ID    # 这个参数 PDB_ID 是用来指定蛋白质数据库中的结构 ID        PDB_ID = str(PDB_ID)    # 将 PDB_ID 转换为字符串形式，确保它是一个字符串类型    # 即使用户输入的是数字或其他类型，也会被转换成字符串        scene = icn3dpy.view(        # 使用 icn3dpy 模块中的 view 函数生成一个场景        # 这个场景是一个 3D 结构的可视化表示                q='mmdbafid=' + PDB_ID,        # q 参数指定要查询的 ID，这里使用了用户传入的 PDB_ID                command='load mmdb' + PDB_ID + '| parameters &mmdbid=' + PDB_ID +         # command 参数指定了一系列要在 3D 结构上执行的命令        # 这里的命令首先加载 PDB 数据库中的分子数据                '&bu=1; defined sets; select sets chemicals; set background white; '        # bu=1 表示显示生物学单元        # 定义了分子集，选择化学分子集，将背景设为白色                'style chemicals ball and stick; set surface wireframe on; '        # 将化学分子（如配体）显示为球棒模型，将表面显示为线框                'set surface wireframe on; style proteins cylinder and plate; '        # 重复设置线框表面显示，并将蛋白质的显示样式设置为圆柱体和板状                'style proteins cylinder and plate; defined sets; '        # 再次设置蛋白质的显示样式，并定义分子集                'select sets 1ETS; style proteins cylinder and plate; '        # 选择特定的蛋白质集（这里是假设的 1ETS），并将其样式设置为圆柱体和板状                'color secondary structure yellow|||'        # 将二级结构的颜色设置为黄色                '{"factor":"1.000","mouseChange":{"x":"0.000","y":"0.000"},'        # 设置视图参数：缩放因子、鼠标位置变化（x 和 y 坐标）                '"quaternion":{"_x":"0.000","_y":"0.000","_z":"0.000","_w":"1.000"}}'        # 设置四元数（用于 3D 旋转的数学表示）来确定初始视角    )        return scene# 返回生成的 3D 结构场景，供进一步使用或显示

我们在使用的时候，只需要告诉这个函数PDB_ID是什么就可以了。我们来运行一下：

PDB_ID = '1ETS' # 也可以尝试其他的 PDB_ID 比如 1D66myview1(PDB_ID)

我们今天的代码可以帮助大家更快速、更直观、更多样化的查看蛋白质的 3D 结构，大家可以多多尝试。下一节课我们会尝试去探索更细致的部分，我们将关注到酶与配体，会使用 RCSB 搜索 API 来查找与特定酶类结合的配体。