小编，你说的好像没毛病，但是这些该如何帮助我构思我的课题，应用到文献里面呀？

首先要确定研究方向可以往RNA修饰和代谢重编程延伸，然后再确定RNA表观遗传机制与该疾病是否有潜在关系

那用什么方法可以去预测这种潜在关系呢？

两个方法吧，一个是相似疾病已有报道有某种具体的RNA修饰，可以在目标疾病中验证，还有一个是利用“DepMap CRISPR-Cas9基因敲除数据集”数据将相应疾病与RNA表观调节因子的依赖性进行CERES分析，来推测二者的潜在关系

那根据数据集预测的话，会得到类似于什么样的结果呀？

首先会得到一个表格，得到疾病对RNA表观遗传调控因子的依赖性分数，一般来说分数越小越说明之间有潜在的关键作用。

哇，数据好多啊，眼花缭乱的，那这能研究的也太多了

当然还要依据疾病标志物呀，将标志物与这些候选RNA表观遗传调控因子取交集，然后选取评分最低的进行研究。然后再研究一下是否与代谢重编程有关

我之前也做过代谢组相关的研究，一般就是找富集通路，是这样吗？

转录组、代谢组的结果都可以用，但要选对研究对象，比如敲除目标RNA表观遗传调控因子。除这些结果外，以代谢流的数据再次验证目标代谢通路也是可以的

是的，可能因是RNA表观遗传调控因子，果是代谢重编程，最终导致疾病的发生发展，那我该如何将因果串联呢？

那就举一个简短的例子吧，已预测到NAT10作为RNA乙酰化的写入蛋白，与白血病存在潜在关联，且敲除NAT10且构建NAT10蛋白突变体后，丝氨酸代谢受到显著影响，RNA乙酰化水平降低。

首先，以RacRIP/RIP seq去找寻与NAT10有关的发生乙酰化的基因，当然也要和丝氨酸代谢相关的基因取交集哦。其实资料显示，RNA的ac4C 可增加 mRNA 稳定性和翻译，经过ribo seq和蛋白组学验证后也能证明敲除NAT10，抑制 SLC1A4 的翻译。

是的，这里的结果的确可以确认NAT10通过其RNA结合蛋白性能和乙酰化转移酶活性来调节丝氨酸代谢相关基因 SLC1A4的翻译，从而影响丝氨酸代谢

是的，也不仅仅只有一个SLC1A4在其中受到影响，其中也有像 HOXA9和MENIN的关键因子，也可以作为NAT10的潜在靶点，参与调节丝氨酸合成途径基因的转录和代谢重编程

那最终这个研究结论对后续的研究会有什么作用呢？

当然有作用啦，上述的研究都能表明NAT10是个有前途的白血病治疗靶点

那其实我从前几步就能得到NAT10这个靶点，为什么还要做那么多研究啊？

那是因为一篇文章的产出需要有理有据，明确的上下游关系以及需要阐述分子间联系，这些有助于理解白血病中复杂的分子调控网络。

明白了，谢啦！