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在真核生物细胞中,编码遗传信息的DNA分子在多种蛋白质和RNA的辅助下组装为高度有序的染色质结构,其中部分区域未被核小体包裹,较容易被DNA酶或Tn5转座酶切割,称为染色质开放性(可及性)。在开放的染色质位点常常分布有转录活跃的基因以及各种顺式调控元件。因此,通过精确地鉴定这些染色质开放区域, 获得开放位点上的DNA 序列, 就可以发掘基因组中具有特征性的开放基因以及功能性顺式调控元件,为研究精细化基因表达的调控提供重要信息。

ATAC-seq( Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, ATAC) 是近年来较为热门的一项用于检测染色质开放性的表观遗传组学技术,其主要原理是利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并结合实时定量PCR和新一代测序技术(next generation sequencing, NGS)来捕获这些开放染色质区域。之后利用生物信息分析在全基因组范围内绘制染色质可及性图谱,揭示转录因子结合位点以及核小体的位置,从而为研究基因调控、DNA 印记等提供有效的方法。

技术优势

样品需求量小, ATAC-seq在微量建库时所需最少细胞量仅为200, 最佳细胞量大约为25,000~75,000; 实验操作简单,耗时较短,只需细胞裂解、Tn5 转座酶转位和 PCR 扩增,就可以构建出实验所需要的文库; 检测灵敏度高,实验重复性好。ATAC-seq使用50000 个 细胞获得的测序结果与DNase-seq具有很高的一致性。

应用范围

医学领域:重大疾病发病机制,药物作用机制、新药研发和生物标志物功能等;
农学领域:染色质开放性图谱绘制、作物表观修饰研究、胚胎发育表观机制研究;
动物研究领域:非生物逆境,病虫害,营养,激素等处理前后及动物疾病,转录活性差异。

实验流程

样品准备-DNA提取与检测-文库构建-产物纯化-文库检测-上机测序(PE150)

生信分析

基于测序数据的基础分析和个性化分析,提供详细的分析结题报告。

送样建议

动植物组织:动物组织每份>50 mg, 植物组织每份>500 mg
细胞样品: 冻存细胞解冻后,状态良好的活性细胞500-6万个。新鲜细胞需在8小时内寄送到实验室。
送样管务必标清样品编号,管口使用封口膜密封。
样品保存期间切忌反复冻融,送样时使用干冰运输。