切换导航
关闭
  • 菜单
  • Setting

简介

16S rDNA是细菌分类学研究中最常用的“分子钟”,其序列包含9个可变区(Variable region)和10个保守区(constant region)。可变区因细菌而异,且变异程度与细菌的系统发育密切相关。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度,可以了解环境样品中群落多样性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起到重要作用

18S rDNA或ITS(Internal Transcribed Spacer)被广泛应用在真菌分类鉴定中。18S rDNA在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类;ITS属于中度保守区域,利用它可研究种及种以下的分类阶元。

研究内容

16S/18S/ITS扩增子测序即通过提取环境样品的DNA,选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的某一或某几个区,使用Illumina测序将目的区域正反向读通,通过检测目的区域的序列变异和丰度,取得微生物群落结构、进化关系以及微生物与环境相关性等信息,对环境样本物种分类及,丰度,种群结构,系统进化,群落比较等方面信息进行分析的研究方法。

技术优势

策略多样,平台多样,经验丰富,分析自动化,完善的售前、售后服务,样本需求量低

应用范围

医学领域:人体微生物与人体健康/疾病的关系,人体微生物对疾病干预过程的影响;

动物研究领域:肠道、瘤胃(如产甲烷菌类群)与动物健康/营养消化研究等;

农学领域:根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等;

环境领域:雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境等;

特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究,如冰川、火山等。

实验流程

生信分析

基于测序数据的基础分析和个性化分析,提供详细的分析结题报告。

送样建议

环境样本:土壤5-10g,污泥/沉积物5-10g,水体-滤膜过滤至有可见覆盖物,粪便3-5g,血液10mL。

DNA:总量≥ 1μg,浓度≥10ng/μL,OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染。

送样管务必标清样品编号,管口使用封口膜密封。

样品保存期间切忌反复冻融,送样时使用干冰运输。

地址:上海市杨浦区国权北路1688号湾谷科技园A8栋701室